有机颜料在应用时，是以细微粒子状态分布于被着色的介质中。
因此，颜料粒子的形状、大小、晶型和表面状态等物理构造和介质的不同都会影响入射光的反射、吸收和散射的比例，从而使颜料表现出不同色光和性能。
不同化学结构的颜料，其色光、牢度等各项性能各不相同，即使化学结构相同，但是由于颜料的物理构造不同，也会表现出不同性能。
1分子结构中氢键的形成和性能的关系
在偶氮颜料中，重氮组分在氨基邻、对位有硝基、磺酸基、羧酸基、氯基等负性取代基团，和偶合组分中酰氨基苯环的邻、对位有甲基、乙基、甲氧基、乙氧基等正性取代基团，都有加强氢键形成倾向，使颜料具有更好的坚牢度。
例如，耐晒黄G、永固红FGR等都能形成分子内氢键结构，因此都有较好的耐光牢度。
2增大颜料分子量和性能的关系
增大颜料分子量能改进各项性能，例如在耐热、耐溶剂、耐迁移等性能上分子量为600~800的联苯胺黄比分子量小于400的耐晒黄，要好得多。
3分子结构中引入各种基团和性能的关系
有机颜料分子结构中常引入酰氨基、磺酰胺、氯或其他卤素、磺酸或羧酸基、硝基团等，可以提高其耐光牢度和耐溶剂性、耐热性等性能。
鲁美佳黄3101
永固黄HR（PY83）
永固黄2GS
颜料红254(PR254)